En la patogénesis de la obesidad diversos factores interactúan de una manera muy detallada y compleja: comportamentales, psicológicos, ambientales, metabólicos, neuro-inmune-endocrinos. Varios estudios han mostrado una relación entre la microbiota intestinal y la obesidad. Aunque no exclusivamente, los estudios realizados en ratones y seres humanos han demostrado un cambio en la composición de la microbiota intestinal en sujetos obesos con un aumento en Firmicutes y una reducción de los Bacteroidetes.
Evidencias experimentales y clínicas están haciendo luz de forma sorprendente sobre la compleja entidad de la microbiota intestinal y sus múltiples funciones. Se observó que los microorganismos que colonizan el tracto gastrointestinal no son sólo visitantes casi inertes sino que son protagonistas activos de animadas interacciones entre el tracto gastrointestinal y el sistema neuro- inmune – endocrino.
El genoma total de la sola flora intestinal individual es exponencialmente más rico que los genes del genoma humano, de hecho sabemos que la flora intestinal incluye 1014 bacteria, a los cuales deben añadirse hongos y virus. Sólo el 1% de nuestros genes se transmite de los padres, el 99% restante es adquirido por el microbioma presente en el medio ambiente, en particular en el momento del nacimiento, durante el paso por el canal del parto y luego con la lactancia materna.
